クリニックの開業医が知っておきたい経費の特例「措置法26条」の基礎と実務上の注意点

「概算で経費を計上できて、実際の経費より多く計上できると聞いたのですが……」

最初の確定申告を迎える開業医の方から、必ずといってよいほど受ける質問です。ここでいう概算の経費とは、租税特別措置法（以下「措置法」）26条に定められた「社会保険診療報酬の所得計算の特例」のことを指します。

実額の経費に代えて、社会保険診療収入から機械的に計算した概算経費を必要経費にできる制度で、要件を満たせば節税につながります。

一方で、要件の判定や自由診療がある場合の按分計算には細かな決まりがあり、思い込みで適用すると修正申告になりかねません。

今回は、制度の全体像と実務上つまずきやすいポイントを整理します。

1．措置法26条とは

所得税では、必要経費は原則として実際にかかった金額で計算します。措置法26条はその例外で、社会保険診療に係る必要経費について、社会保険診療収入の金額に応じた概算額を経費として認めるものです。収入を4つの階層に区分して経費率を乗じるため、実務上は「四段階経費」「概算経費」などと呼ばれます。

なお、医療法人にも同様の特例があります（措置法67条）。

以下は個人開業医を前提に説明します。

2．適用要件

措置法26条の適用を受けるには、次の要件をすべて満たす必要があります。

① 医業または歯科医業を営む個人であること

② その年の社会保険診療につき支払を受けるべき金額が5,000万円以下であること

③ その年の医業・歯科医業から生ずる事業所得に係る総収入金額の合計額が7,000万円以下であること

④ 確定申告書に、措置法26条の規定により事業所得の金額を計算した旨の記載があること

②と③は「かつ」の関係

②の社会保険診療報酬5,000万円以下という要件だけに目が向きがちですが、社会保険診療報酬が5,000万円以下でも、自由診療を含めた医業収入の合計が7,000万円を超えれば適用できません。

たとえば社会保険診療報酬4,500万円、自由診療収入3,000万円というケースでは、社会保険診療報酬は5,000万円以下ですが、合計7,500万円が7,000万円を超えるため、措置法26条は使えません。

7,000万円判定に含めない収入がある

③の「事業所得に係る総収入金額に算入すべき金額の合計額」は、社会保険診療報酬と自由診療収入等の合計、すなわち病院会計準則の医業収益に該当するものの合計額とされています。医業に関連する収入であっても、次のようなものは判定に含めません。

•   国庫補助金、補償金、保険金その他これらに準ずるものの収入金額

•   固定資産または有価証券の譲渡に係る収益の額

•   受取配当金、受取利子、固定資産の賃貸料等の営業外収益の額

•   貸与寝具、貸与テレビ、洗濯代等の収入金額

•   医薬品の仕入れ割戻しの金額

•   電話使用料、自動販売機等の手数料に係る収入金額

•   マスク、歯ブラシ等の物品販売収入の額　　等々

「雑収入」と決算書に計上したものをすべて足して7,000万円を判定してしまうと、誤った結論になることがあります。中身を確認してください。

申告書への記載は絶対条件

④は形式要件ですが、記載がなければ特例は適用されません（措置法26条3項）。

3．概算経費の計算（速算表）

社会保険診療報酬を4つの階層に区分し、各階層の金額に所定の経費率を乗じて合計します。実務では次の速算表を使うと一度に計算できます。

社会保険診療報酬（A）	概算経費の額
2,500万円以下	A × 72％
2,500万円超 3,000万円以下	A × 70％ ＋ 50万円
3,000万円超 4,000万円以下	A × 62％ ＋ 290万円
4,000万円超 5,000万円以下	A × 57％ ＋ 490万円

計算例

社会保険診療報酬が4,800万円の場合：

4,800万円 × 57％ ＋ 490万円 ＝ 3,226万円

社会保険診療に係る実際の経費が2,600万円だったとすれば、差額626万円だけ余分に必要経費を計上できることになります。この差額が後述する「措置法差額」です。

4．自由診療がある場合の所得計算

措置法26条が適用されるのは社会保険診療報酬に対応する部分だけです。自由診療収入や雑収入には適用されません。したがって自由診療がある場合は、実際にかかった必要経費を「社会保険診療に対応する部分」と「自由診療に対応する部分」に区分する作業が必要になります。

ステップ1　固有経費と共通経費に分ける

まず、どちらに係る経費かが明らかなもの（固有経費）を抜き出します。自由診療用の材料費、予防接種のワクチン代、歯科であれば自費の技工料や材料費などが典型です。ここを丁寧に区分できるかどうかで結果が大きく変わります。

ステップ2　自由診療割合を算出する

どちらに係る経費か明らかでない共通経費（家賃、水道光熱費、スタッフ給与など）を按分するために、「自由診療割合」を計算します。算定方法は次の2つです。

•   診療実日数による割合

•   収入金額による割合

実務では収入金額による方法が使われることが多いのですが、その場合は注意が必要です。同じ原価で診療しても一般に自由診療のほうが単価が高いため、収入割合にそのまま拠るのではなく、診療科目に応じた調整率を乗じて自由診療割合を算出します。

診療科目	調整率
眼科・外科・整形外科	80％
産婦人科・歯科	75％
上記以外（美容整形を除く）	85％

ステップ3　措置法差額を計算する

共通経費を自由診療割合で按分し、自由診療に係る経費（固有経費＋按分額）を確定させます。総経費からこれを差し引いた金額が、社会保険診療に係る実際の経費です。

措置法差額 ＝ 速算表で計算した概算経費 － 社会保険診療に係る実際の経費

この措置法差額を所得から控除します。一連の計算は「所得税青色申告決算書（一般用）付表《医師及び歯科医師用》」に金額を当てはめていけば完結する構成になっています。

なお、社会保険診療には患者の一部負担金も含まれます。

窓口で徴収していない（未収の）場合であっても、本来受け取るべき負担金相当額を含めて『社会保険診療報酬の収入金額』に計上し、その全体の収入金額に対して措置法26条（概算経費率）を適用して必要経費を計算することになります。

5．青色申告特別控除との関係

見落とされやすいのが青色申告特別控除との関係です。措置法26条を適用した場合、青色申告特別控除額の計算の基礎となる金額から、社会保険診療報酬に対応する所得金額が除かれます。

つまり、控除の上限は「不動産所得の金額＋社会保険診療分を除いた事業所得の金額（自由診療や雑収入に係る所得）」と、65万円(複式簿記)とのいずれか低い金額になります。控除そのものは、自由診療部分や雑収入に係る所得（および不動産所得）からのみ行われます。社会保険診療分の所得からは一切控除できないため、結果として控除できる金額が圧縮（またはゼロに）されるわけです。

極端な例

収入のすべてが社会保険診療報酬で、措置法26条を適用している場合、控除の基礎となる金額がゼロとなるため、青色申告特別控除額もゼロになります。

「複式簿記で記帳しているから当然65万円」と考えて申告すると誤りになります。不動産所得がある場合はその金額も基礎に含まれるので、あわせて確認してください。

6．専従者給与は支払うべきか

措置法26条を適用すると、社会保険診療に対応する必要経費は収入に応じて機械的に決まります。そのため、たとえば自由診療がゼロで社会保険診療だけの医院では、専従者給与を支払っても支払わなくても、社会保険診療分の所得金額は変わりません。「それなら払わないほうがよいのでは」という発想が出てくるのは自然です。

しかし、実際に診療所の業務に従事してもらい、労務の対価として適正な金額であるならば、支給したほうがよいと考えます。将来の相続を見据えた資産の移転という観点があり、社会保険料の負担や配偶者控除・扶養控除との関係も含めて総合的に判断すべき論点だからです。目先の所得計算だけで決める問題ではありません。

7．有利・不利の判定は毎年行う

措置法26条は、要件を満たす年に選択して適用する制度です。前年に適用したから今年も適用しなければならない、という縛りはなく、毎年、実額経費と概算経費を比較して有利なほうを選べます。

社会保険診療収入が5,000万円以下であっても、設備投資をした年などは実際にかかった経費のほうが概算経費を上回ることがあります。その場合は実額で申告したほうが有利です。適用を前提にせず、毎年両方を計算して比較する運用が欠かせません。

8．まとめ

•   5,000万円要件と7,000万円要件は「かつ」。

　自由診療を含めた医業収入の合計にも上限がある。

•   7,000万円の判定に含めない収入がある。雑収入を一律に足さない。

•   申告書への記載と付表の添付が適用の条件。記載がなければ適用されない。

•   収入割合で自由診療割合を計算するときは調整率（85％・80％・75％）を乗じる。

•   青色申告特別控除の限度額計算からは社会保険診療分の所得が除かれる。

•   毎年、実額と概算を比較して有利なほうを選ぶ。

計算構造そのものは単純ですが、判定と按分の細部に落とし穴が多い制度です。開業初年度や収入が5,000万円前後で推移している時期はとくに影響が大きいので、早めに顧問税理士へご相談ください。

【免責事項】

本記事は、クリニックおよび所得税に関する一般的な情報提供を目的として作成したものであり、特定の事案に対する税務判断や専門的助言を提供するものではありません。

記事の内容は2026年9月の法令、通達、税制改正等に基づいていますが、今後の法令改正や行政解釈の変更により、記載内容が適用できなくなる可能性があります。

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